Oddělení výzkumů, průzkumů a dokumentace provádí v prvé řadě operativní průzkumy (OPD), které dokumentují situace objevené při rekonstrukčních pracích – druhotně zazděné prvky, vrstvy historických omítek nebo maleb a další doklady jednotlivých stavebních etap, které často v průběhu oprav zanikají nebo nezůstanou odkryté.

Druhou složkou činnosti oddělení je zpracování stavebněhistorických průzkumů (SHP), které mají ještě před rekonstrukcí zjistit co nejvíce informací o objektu, zpracovat souhrnné zhodnocení jeho stavební historie a na základě těchto poznatků pak ve spolupráci s kolegy z oddělení péče o památkový fond stanovit základní principy oprav.

OPD a SHP se zpracovávají podle závazných metodik, které jsou dostupné na webových stránkách Národního památkového ústavu