Nachdem ein großer Brand im Jahre 1515 die alte Kirche soweit vernichtet, dass nur noch die Krypta erhalten geblieben war, begann der Schweinfurter Baumeister Jacob Heilmann 1517 mit dem Bau der spätgotische Kirche Mariä Himmelfahrt. Die Errichtung der neuen Kirche dauerte bis ins 17. Jahrhundert an. 
Die Kirche wurde immer mal wieder durch neuen Ideen und die unterschiedlichen Epochen verändert, so dass sie nun eine Symbiose aus Spätgotik, Barock und Renaissance bildet. Das dreischiffige Kirchenschiff besitzt eingezogene Stützen und eine Empore, deren Brüstung rundherum mit Reliefs biblischer Szenen verziert ist. Unter der Galerie befinden sich 16 Kapellen, die beispielsweise den Zünften, den Patriziern  oder auch dem Abt Bartholomäus aus Osek gewidmet sind.
Im zweiten Viertel des 18. Jahrhunderts wurde der östliche Chor durch den monumentalen, barocken Hauptaltar  abgeschlossen und  in den siebziger Jahren desselben Jahrhunderts durch lebensgroße Statuen des Tiroler Bildhauers B. Eder und Bilder des Malers J. Kramolín ergänzt.
Als Gegengewicht zum Altar auf der Ostseite wurde die große Orgel im westlichen Teil Empore errichtet.

Durch die Statuen des Lobkowitzer Bildhauers J. A. Dietz aus Eisenberg, die in den 1830'iger Jahren auf den Säulen des Innenschiffs montiert wurden und Christus und die Apostel zeigen, lassen sich im spätgotischen Kirchenraum auch barocke Elemente finden.

Als in den 70er Jahren fast die gesamte Stadt Most dem Braunkohleabbau weichen musste, war auch die Kirche in Gefahr. Daher wurde sie im Jahre 1975 an einen sicheren Ort umgesetzt. Der Umzug der Kirche begann am 30. September 1975 und dauerte bis zum 27. Oktober. In dieser Zeit legte sie exakt eine Strecke von 841,1 Metern zurück. Der Transport war ein gewagtes und technisch höchst interessantes Unterfangen.  Mit Hilfe eines hydraulischen Untergestells, welches  Höhenschwankungen der Kirche, die bei unebenem Gelände entstanden, ausgleichen konnte, Hydraulikzylindern und einer komplizierten Stahlkonstruktion wurde die Kirche mit einer durchschnittlichen Geschwindigkeit von 2,16 cm pro Minute an ihren neuen Platz bewegt. Dort wurde sie noch bis 1988 wieder aufgebaut und restauriert.
Aufgrund dieser einmaligen Geschichte ist die Kirche in das Guinness-Buch der Rekorde eingegangen.
Neben der Marienkirche befindet sich die ehemalige Spitalkirche zum Heilgen Geist ausdem 14. Jahrhundert.