Organizační struktura
V čele NPÚ je generální ředitelka, která řídí a jmenuje své náměstky, ředitele ÚOP a ředitele ÚPS. Kromě vedení NPÚ jsou součástí generálního ředitelství útvary přímo řízené generální ředitelkou, sekce památkové péče, sekce provozně-ekonomická a sekce správ památkových objektů v péči NPÚ.
Organizační schéma Národního památkového ústavu
Generální ředitelka

Ing. arch. Naděžda Goryczková
Generální ředitelkou Národního památkového ústavu byla jmenována v prosinci 2008. V této funkci usiluje o modernizaci a větší otevřenost instituce. Odborně se specializuje na průzkum a obnovu památek moderní architektury.
Celý textÚtvary přímo řízené Generální ředitelkou
- ✓ oddělení interního auditu
- ✓ referát bezpečnostního ředitele NPÚ
- ✓ odbor komunikace a prezentace
Náměstek pro památkovou péči

Dott. Jana Michalčáková, Ph.D.et Ph.D.
Náměstkyní pro památkovou péči byla jmenována 1. dubna 2020. Zároveň vede přednáškové cykly na Přírodovědecké fakultě UP v Olomouci a na Akademii výtvarných umění v Praze.
Celý text- ✓ územní odborná pracoviště
- ✓ odbor evidence a dokumentace
- ✓ odbor péče o památkový fond
- ✓ odbor archeologie
- ✓ oddělení památek s mezinárodním statusem
- ✓ odbor technologické laboratoře
Provozně-ekonomický náměstek

Ing. Radka Lukášová
- ✓ odbor ekonomického řízení NPÚ a generálního ředitelství
- ✓ odbor ekonomického řízení ÚOP
- ✓ odbor personalistiky a mezd NPÚ
Náměstek pro správu památkových objektů

Ing. Oldřich Pešek
Náměstkem pro správu památkových objektů je od 1. července 2019, od 1. června 2015 byl provozně-ekonomickým náměstkem generální ředitelky NPÚ. Předtím zastával funkci ředitele ÚOP v Josefově a poté pracoval jako náměstek ředitele ÚPS na Sychrově. Od června 2009 do května 2015 vedl současně projekt Kuks – Granátové jablko.
Celý text- ✓ územní památkové správy
- ✓ odbor správy a prezentace kulturního majetku
- ✓ oddělení správy majetku
- ✓ oddělení investičního rozvoje
- ✓ odbor správy a obnovy Invalidovny Praha
Náměstkyně pro projektové řízení

Mgr. Eva Balaštíková
Náměstkyní pro projektové řízení byla jmenována v dubnu 2022. Vystudovala dějiny umění na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. V letech 1984–1996 působila na Památkovém ústavu v Ústí nad Labem jako historička umění v oddělení zámeckých sbírek.
Celý text- ✓ odbor vědeckého tajemníka
- ✓ oddělení evropských fondů
- ✓ oddělení administrace stavebních investic