Míra destrukce kláštera byla na počátku 21. století masivní – střechami s dožilou krytinou dlouhodobě zatékalo, přízemí bylo postiženo vysokou vlhkostí. Projevovaly se četné destrukce nosných konstrukcí způsobené hnilobou nebo dřevomorkou. Docházelo k lokálním propadům krovů a trámových stropů.
Město se nejprve snažilo klášter prodat, následně se však rozhodlo, že si rozsáhlý areál ponechá a pokusí se jej opravit. Projekt na celkovou rekonstrukci zpracoval ateliér Huml a Vaníček, jeho snahou bylo zachránit všechny konstrukce a prvky, jejichž technický stav to umožňoval. Následně město na rekonstrukci získalo dotaci necelých 100 milionů korun z Integrovaného regionálního operačního programu.
Sanace neuspokojivého stavu byla zahájena v roce 2012 postupnou obnovou střech. Práce byly ukončeny v roce 2018 a podařilo se díky nim zabránit dalšímu chátrání památky. Na obnovu střech navázala termosanace nejvíce poškozených interiérů. Během celkové rehabilitace, zahájené v roce 2021, se podařilo repasovat velkou část výplňových prvků, nášlapné vrstvy, restaurována byla interiérová klasicistní výmalba i výmalba pocházející ze závěru 19. století. Vnější plášť byl navrácen do podoby z počátku 20. století, fasádám rajského dvora dominují obnovené sluneční hodiny. Nové vstupy jsou koncipovány jako razantní, vizuálně i materiálově odlišné.
Bez aktivity vlastníka, města Žatec, by záchrana rozsáhlého areálu v mimořádně špatném technickém stavu nebyla možná. Ocenit je nutné jeho přístup k restaurování interiérové výmalby pocházející z 19. století, která bývá jinými vlastníky často přehlížena jako „mladá“ a tudíž i (zdánlivě) méně hodnotná. Jak ukazuje příklad kapucínského kláštera, jedná se nejen o historicky cenné vrstvy, ale především vrstvy s vysokou výtvarnou kvalitou, které dávají prostorům mimořádnou působivost. Pozitivem obnovy je i skutečnost, že klášter bude po ukončení prací přístupný široké veřejnosti – v objektu bude fungovat robotické centrum a přednáškový sál, ostatní prostory budou sloužit jako zázemí pro místní spolky.
Nominuje NPÚ, ÚOP v Ústí nad Labem.
Na cenu NPÚ v kategorii Záchrana památky je navrženo město Žatec, zastoupené starostou Ing. Radimem Laiblem.