Obnova probíhající v letech 2012–2018 zahrnovala několik etap. V první fázi se restaurátoři zaměřili na nástěnné malby na stěnách, klenbách a v kupoli presbytáře, a to včetně nápisů a štukové výzdoby. Zejména v prostoru presbytáře přinesl velké překvapení nález velmi kvalitní a výtvarně výrazné polychromie štukové výzdoby a architektonických prvků, která byla ve značném kontrastu s neuspokojivým řešením ze 70. let 20. století. Polychromie plastické výzdoby doplněná stínováním v několika valérech byla retušována anorganickými pigmenty. Na tyto práce navázalo restaurování štukové výzdoby a nečitelných nástěnných maleb na klenbě jižní oratoře, kde se po vyčištění a odstranění přemaleb ukázaly náměty vztahující se k sv. Antonínu Paduánskému.
Následovalo restaurování interiéru severní kaple sv. Josefa. Zde se v lunetě nad záklenkem vítězného oblouku nalézá unikátní výjev s procesím, které vede táborský děkan Jiří Josef Winkler (1689–1719), iniciátor barokní přestavby klokotského poutního místa. Malba z roku 1714 obsahuje vedutu tehdy zamýšlené podoby areálu. Během restaurování se podařilo dohledat předlohy, které umožnily rekonstruovat zničené partie nástěnných maleb. Inspirací byla díla z druhé poloviny 16. století, zejména benátského malíře Paola Veroneseho či vlámských rytců Hieronyma Wierixe a Jana Sadelera. Restaurován byl také interiér jižní kaple sv. Václava a i zde se podařilo dohledat předlohu, kterou byla kniha z roku 1644, jejímž autorem byl zderazský augustinián Jiljí od sv. Jana Křtitele. V severní oratoři byly navíc restaurovány čtyři menší výjevy s posmrtnými zázraky sv. Jana Nepomuckého.
Následně proběhlo restaurování lodi kostela, které zahrnovalo obnovu stěn a stropu, restaurování nástěnných maleb a štukové výzdoby. Barokní strop byl v letech 1892–1893 nahrazen současným, jehož výzdoba od Vojtěcha Bartoňka (1859–1908) částečně respektovala starší stav, byla však přemalována ve 30. a 70. letech 20. století. Při opravě se podařilo obnovit jeho starší podobu. Práce na stěnách interiéru poutního kostela zakončila obnova varhanní kruchty.
Restaurování navrátilo nástěnné výzdobě v převážné míře podobu, jakou měla krátce po dokončení v druhém desetiletí 18. století. Technologickou zajímavostí je, že barevná vrstva maleb byla kladena nezvyklým způsobem, typickým spíše pro olejomalby na plátně či na desce. Návštěvníci tak mohou opět obdivovat nástěnné malby provedené technikou olejomalby na vápenné omítce i nápisová pole zhotovená technikou vápenného secca s příměsí organického pojiva.
Za Jihočeský kraj nominovalo územní odborné pracoviště v Českých Budějovicích
Na cenu NPÚ v kategorii obnova památky, restaurování byli navrženi Mgr. art. Jan Vojtěchovský, Ph.D., a BcA. Daniel Chadim (restaurátoři)