Cesta k NPÚ
Ač se přímá historie NPÚ datuje od 1. ledna 2003, tak začátky památkové péče v českých zemích sahají hluboko do 19. století, respektive do jeho poloviny. Počátky institucí pečujících v Čechách, na Moravě a ve Slezsku o památkový fond klademe do roku 1850. V následujících 150 letech, i díky překotnému historickému vývoji, můžeme sledovat mnohé změny v péči o památky i ve vývoji odborné organizace, které vyvrcholily konstituováním Národního památkového ústavu.
Období habsburské monarchie
Za kolébku památkové péče je považována Francie, která byla inspirací též pro Rakouské císařství, kde 31. prosince 1850 na základě císařského rozhodnutí vznikla při Ministerstvu obchodu, průmyslu a veřejných prací Centrální komise pro výzkum a zachování stavitelských památek. Tato komise se po svém založení měla věnovat péči o památky nemovité povahy (stavební), a tak v jejím složení převažovali architekti. Tvořil ji sbor 120 konzervátorů a dopisovatelů. V roce 1859 byla převedena pod Ministerstvo kultu a vyučování a roku 1872 změnila název na Komisi k vyhledávání a zachování uměleckých a historických památek. Důvodem bylo rozšíření jejího záběru i na památky movité. Při komisi vznikl v roce 1911 Zemský památkový úřad pro České království. Na území českých zemí komise působila až do rozpadu habsburské monarchie v roce 1918.
První republika
Nový československý stát se po svém vzniku přihlásil k tradici ochrany kulturního dědictví. Činnost komise převzal v roce 1918 Státní památkový úřad. Roku 1920 vznikl samostatný Státní památkový úřad pro Moravu a Slezsko se sídlem v Brně. Oba úřady byly podřízeny Ministerstvu školství a osvěty. I přes opakované snahy však nebyl v meziválečném období přijat památkový zákon.
Protektorát Čechy a Morava
V době protektorátu Čechy a Morava působil v Praze Památkový úřad s pobočkou v Brně. Po skončení druhé světové války vznikla dvojice Státních památkových úřadů v Praze (pro Čechy) a v Brně (pro Moravu a Slezsko). V roce 1946 došlo též k ustavení Národní kulturní komise, která spravovala zestátněné hrady a zámky s jejich mobiliářem. Působnost této komise však nezasahovala do kompetencí památkových úřadů.
Období socialismu
V 50. letech 20. století nastal právní chaos, kdy za orgány památkové péče byly určeny krajské národní výbory a Ministerstvo školství a osvěty. Památkové úřady byly přejmenovány na památkové ústavy s podřízeným postavením a kompetencemi. V roce 1953 byla navíc založena nová instituce Státní památková správa.
Vyjasnění situace přišlo s přijetím zákona č. 22/1958 Sb. o kulturních památkách. Na jeho základě byl jako odborný orgán státní památkové péče zřízen Státní ústav památkové péče a ochrany přírody v Praze (SÚPPOP). Výkonnými orgány památkové péče se staly krajské národní výbory, při kterých vznikla Krajská střediska státní památkové péče a ochrany přírody. Dne 1. ledna 1988 vstoupil v platnost nový zákon č. 20/1987 Sb. o státní památkové péči, který je i přes četné novelizace platný dodnes.
Od revoluce po současnost
V roce 1990 vzniklo Ministerstvo životního prostředí a již v následujícím roce byla ze společných organizací vyčleněna agenda ochrany přírody. To přineslo změnu názvu odborné organizace památkové péče na Státní ústav památkové péče (SÚPP). Zároveň s tím se změnily i názvy krajských středisek na Památkové ústavy, od roku 2001 pak na Státní památkové ústavy (SPÚ). Toto uspořádání platilo do konce roku 2002. V následujícím roce (2003) vzniká jednotná odborná organizace památkové péče Národní památkový ústav (NPÚ) s ústředním pracovištěm v Praze a územními odbornými pracovišti v regionech. Reorganizace v roce 2013 přináší současné uspořádání NPÚ, kdy se ústřední pracoviště transformuje na generální ředitelství a vedle územních odborných pracovišť vznikají čtyři územní památkové správy s kompetencemi ke státním památkám ve správě NPÚ, zpřístupněným veřejnosti.
